El caso fue llevado a la justicia por el Superior general de Schoenstatt, Juan Pablo Catoggio, y hacía mención a una denuncia por un abuso cometido el 2004 en Alemania.

Camilo Jofré Profesor, militante del PTR e integrante de la agrupación de trabajadores de la educación Nuestra Clase.
Domingo 7 de octubre de 2018
El cuestionamiento a la Iglesia Católica, y su moral, que estos últimos tiempos vienen en ascenso producto de los bullados casos de denuncias por abusos sexuales a menores, se ha profundizado llevando a la Iglesia Católica en Chile, a una de sus mayores crisis a lo largo de la historia.
Entre esos casos, sale nuevamente Francisco José Cox, por un abuso que habría cometido el 2004, la justicia alemana además abrió una investigación al obispo emérito.
En una nota titulada: “El escándalo de abuso en Chile: un caso para la justicia alemana" (Chiles Missbrauchskandal: Ein Fall für die deutsche Justiz) el superior general de Schoenstatt aseguro que el abría recurrido a la justicia por el caso del obispo cox.
“Efectivamente, Monseñor Francisco José Cox enfrenta una denuncia en Alemania", señalaron desde Schoenstat.
La denuncia fue enviada a la Congregación para la Doctrina de la fe, dado que Francisco Cox depende jurídicamente de estos.
En Chile existen dos denuncias contra Cox Huneeus, una de parte de Abel Soto Flores de 49 años, quien habría denunciado dos episodios de acoso con el religioso, y que además agrego a su denuncia que el antecesor de Cox en La Serena, Bernardino Piñera, tio del Presidente Piñera, también formo parte del encubrimiento.
Esto en medio que la Iglesia vive una crisis abierta, con renuncias y expulsiones de altos cargos eclesiásticos. Incluso hoy son acusados por obstaculizar la investigación de fiscalía, ocultando computador con información sobre los casos de abuso en el entretecho de la casona del arzobispado de Valparaíso.