La planeación y desarrollo del nuevo aeropuerto internacional en lo que todavía es la base militar de Santa Lucía aun tiene complicaciones. Puesto que no considera el impacto hídrico en la región además de las obras para adecuar un cerro que se interpone con el paso de las aeronaves.
Dadas estas complicaciones, el costo estimado del proyecto del Aeropuerto Internacional de Santa Lucía subió un 11.7% luego de que se reconociera que no se tomó en cuenta el Cerro de Paula, a menos de 10 kilómetros de la pista de aterrizaje sur.
Uno de los principales problemas detectados en la planeación para la ubicación de las pistas lo constituye la presencia del Cerro de Paula, cuya elevación máxima es de 2,625 metros sobre el nivel del mar, para la ubicación de la pista sur.
Además de esto la Secretaría de la Defensa Nacional (Sedena) presentó la manifestación de impacto ambiental del aeropuerto de Santa Lucía a la Secretaría de Medio Ambiente y Recursos Naturales (Semarnat).
En el documento acepta que habrá afectaciones al agua, ya que la actual base militar se encuentra sobre un acuífero sobrexplotado, y también reconoce que se emitirán más contaminantes al aire por la actividad aérea; además, precisa que las aves no impactarán a los aviones porque el mismo ruido las alejará.
Los encargados de los estudios ambientales de la Sedena y la Comisión Nacional del Agua reconocieron, también, que la construcción del Aeropuerto impactará gravemente la disponibilidad de agua de los municipios aledaños y en la Ciudad de México.
La Comisión Nacional del Agua (Conagua) señaló que de este acuífero se extraen 750 mil litros al día, ya que ayuda a abastecer a los estados de México, Hidalgo y parte de la Ciudad de México. Sin embargo, la operación de un aeropuerto comercial, según el estudio, requiere de 6 millones de litros al día. | 
