Francisco Salgado fue señalado por la Procuraduría General de la República (PGR) como probable responsable en los crímenes del 26 de septiembre contra los normalistas, quien habría ordenado disparar esa noche.
La orden de aprehensión en su contra se mantuvo pendiente, pues el exfuncionario permaneció prófugo, igual que Felipe Flores Velázquez, exsecretario de Seguridad Pública en Iguala que no ha sido detenido. Ambos mandos policiales trabajaron al mando de José Luis Abarca.
Esta detención corresponde a una de las órdenes de aprehensión pendientes de la Procuraduría General de la República (PGR) y también forma parte de una de las exigencias de los padres de los jóvenes desaparecidos, aunque se sabe que al mismo tiempo cuestionan la falta de investigación y detenciones contra funcionarios superiores al expresidente municipal de Iguala, como el exgobernador Ángel Aguirre, así como los militares del Batallón 27 de Iguala, involucrados en distintos testimonios de los sobrevivientes.
A decir del gobierno, Francisco Salgado habría recibido 600 mil pesos por parte del grupo del narcotráfico Guerreros Unidos, por recibir protección policial. Ahora enfrentará en la ciudad de México cargos por delincuencia organizada, más los que resulten, por la desaparición de los normalistas.
Pero diversas organizaciones sociales y abogados democráticos y de derechos humanos, han denunciado la falta de legislación en materia de tortura y desaparición forzada en México, que no permite que los involucrados en los crímenes de Ayotzinapa enfrente un caso por estos cargos. Parte del meollo legal, que sabemos que tiene explicaciones políticas, respecto a estos delitos en México.
A decir del abogado Andrés Aullet: “Homicidio y secuestro no es lo mismo que tortura y desaparición forzada en términos legales, pues el Estado mexicano históricamente ha favorecido la impunidad en este tema y las implicaciones del régimen en este tipo de delitos, no podrían permitir una tipificación que resuelva una parte de las más de 40 mil desapariciones de los últimos años en nuestro país. Ni siquiera con la reciente reforma constitucional que ha sido anunciada como la apertura para cambios penales al respecto.” | 
