El ciclo comenzó en el año 2000 y eran sus conductores Octavio Fabiano y Fernando Martín Peña en la conducción. Las medianoches de la semana se convirtieron en una cita obligada para los amantes del cine.
Peña continuó con la conducción acompañado de Fabio Manes. En el 2016 se sumó Roger Koza, ya que Peña estaba solo en la conducción dado el fallecimiento de Manes en el 2014.
Fernando Martín Peña, docente, programador e investigador de cine comentaba a Infobae: “Este regreso particular implica un pequeño cambio de formato porque, como antes era semanal y ahora va los fines de semana, hay que pensar el ciclo de otra manera. Vamos a grabar el viernes 3 como para empezar a salir el 4 con esta estructura nueva. Veremos qué le parece a la gente, pero la idea es mantener el espíritu, aún en este nuevo formato; yo creo que se va a poder”.
Respecto a que se cataloga al programa como "de culto" Peña afirmó: "Uno siente una responsabilidad porque si hay seguidores del programa, si existe ese culto, entonces el programa no es del todo nuestro: es nuestro y de la gente que lo sigue, que lo quiere, que lo defiende. Eso te obliga a pensar todo muy bien”.
Filmoteca se emite los sábados y es es uno de los programas más vistos de la TV Pública | 
