Ricardo Lagos designó a Juan Emilio Cheyre como Comandante en Jefe del Ejército en diciembre del año 2001. En ese entonces, Cheyre era Jefe del Estado Mayor y asumiría su cargo en marzo del año siguiente.
Así, Cheyre sucedió a Ricardo Izurieta al frente del Ejército, el que fue homenajeado por el ex presidente Lagos. En sus palabras, el presidente había destacado que se daba “continuidad de las tareas profesionales que son indispensables para el fortalecimiento de la Institución y por ende para el fortalecimiento del país”, continuando así el lavado de imagen que la Concertación de partidos por la democracia realizó de los militares.
Según consignaban diarios de la época, la cercanía de Lagos con Cheyre había comenzado en la década de 1990.
Cheyre fue designado, cuando Pinochet estuvo en Londres, como encargado de ir a visitarlo en una misión para analizar sus antecedentes médicos, por otro lado, participó de la mesa de diálogo convocada por Lagos para tratar el tema de derechos humanos.
En el año 2013, el ex presidente Lagos destacó la labor de Cheyre al frente del Ejército, cuando éste ya estaba acusado y cuestionado por casos de violación a los derechos humanos, diciendo que “no es justo juzgarlo ahora por lo que hizo como teniente a los 25 años”. Con esta lógica de Lagos, ningún militar implicado en violaciones de derechos humanos debería ser castigado por actos que cometió de “joven”.
El caso por el que Lagos defendió a Cheyre era el de Ernesto Lejderman, hijo de una pareja asesinada por los militares en diciembre de 1973. En ese entonces, Cheyre estaba a cargo del Regimiento Arica de La Serena, colaborando con el coronel Ariostol Lapostol y estuvo implicado en la entrega de Lejderman, quién era un bebé, a un convento en La Serena, luego de que sus padres fueran asesinados. Según Cheyre a él solo le habrían entregado al niño diciendo que su padres se habrían “suicidado con dinamita”.
Por más que la Concertación y Lagos quieran negarlo, la relación de Cheyre con Pinochet quedó demostrada cuando firmó un documento asegurando su pleno apoyo y respaldo al dictador, en momentos en que este dejaba la comandancia en jefe del Ejército.
Por otro lado, Cheyre estuvo en el contexto de la entrega del informe de la Comisión sobre Prisión política y Tortura, conocida como Informe Valech, en el año 2004. En un intento de resguardar la imagen del ejército, ante las atrocidades cometidas contra los prisioneros políticos en dictadura, intentó enmarcar en el contexto de la guerra fría y la situación del momento los hechos, señalando que “Como consecuencia de la situación descrita el Ejército de Chile no pudo sustraerse a la vorágine inapelable de esa visión y de los acontecimientos que ella, a escala mundial, precipitó, convirtiéndose en uno de los protagonistas principales de los mismos en este, nuestro país”, señalando que se no había que olvidar “ni la lógica de la confrontación que imperaba en ese momento ni el comportamiento consecuente que ella indujo en los chilenos de entonces”, tratando de justificar lo injustificable.
El rol de Lagos hace recordar una vez las políticas de impunidad y reconciliación que instaló la Concertación y que permitieron que Pinochet muriera libre, que casi no se avanzar en justicia y que la herencia de la dictadura se mantuviera durante décadas en pie.
Hoy, Cheyre está acusado por Carroza como cómplice del presunto delito de asociación ilícita y de homicidio calificado, mientras las organizaciones de DDHH siguen exigiendo toda la verdad, pero sobre todo cárcel efectiva y en prisiones comunes a todos los responsables de violaciones a los derechos humanos. | 
