El alegato de la querella estuvo a cargo del abogado Horacio Viqueira y denunció que el atentado se hizo para ocultar la venta ilegal de armas a Croacia y Ecuador por parte del gobierno de Carlos Saúl Menem.
Se acusa a Jorge Cornejo, Marcelo Gatto que eran directivos de la fábrica por un lado. Por el otro a Edberto González de la Vega y Carlos Franke, que eran directivos de Fabricaciones militares.
A pesar de las múltiples pruebas que los implican, no están incluidos en el juicio ni el ex presidente Menem ni el Jefe del Ejército en ese momento, Martín Balza. Ese es un reclamo de los damnificados y múltiples sectores políticos. Con respecto a Menem, la querella señaló que “se demostró su directa intervención en los hechos ilícitos (venta ilegal de armas a Croacia)" | 
